ツールオプションバーの「パスの操作」ボタン内容が、「シェイプ範囲を交差」になったままパスを引いたのではないでしょうか。
通常は「シェイプが重なる領域を中マド」にしてから引き始めます。
今のおかしくなっている状態を治すには、内側になっているパスだけを選択して「シェイプが重なる領域を中マド」を選びます。
いろいろ試してみてください。
ツールオプションバーの「パスの操作」ボタン内容が、「シェイプ範囲を交差」になったままパスを引いたのではないでしょうか。
通常は「シェイプが重なる領域を中マド」にしてから引き始めます。
今のおかしくなっている状態を治すには、内側になっているパスだけを選択して「シェイプが重なる領域を中マド」を選びます。
いろいろ試してみてください。