mackypacさん、こんにちは
ズレるというのはタイムラインの表示上でしょうか？
表示上だけズレるのはこのソフトではよくあるようです（音の方が少し短く表示されたりする、中身は正常）。
もしそうなら一度イメージでも良いので書き出して確認してください。
それとも実際にプレビュー再生や実際にDVDやBlu-rayに書き出しされてその再生を確認されましたでしょうか。
それで症状が出るようなら、ソフトで処理できない作業を行ってしまった可能性がありますね！
提案になりますがEncore CS6は編集ソフトではないのでトリミングなどは最小限にした方が無難です。
編集が必要ならPremiere Pro で行えばよいですから。
お役に立てれば幸いです